Biogödsel räknas som ett organiskt gödselmedel och omfattas av många av de regler som gäller stallgödsel. Det innebär att de som använder biogödsel till sina grödor ska följa de regler som finns kring tillförsel av fosfor, kväve och lättillgängligt kväve. För alla organiska gödselmedel gäller att max 22 kg fosfor får tillföras som genomsnitt per hektar. Genomsnittet får beräknas över en femårsperiod och över hela den spridningsareal som krävs för den totala mängd som sprids. All spridningsareal som krävs måste också gödslas någon gång under femårsperioden. Vid vissa tidpunkter och i känsliga områden finns det också begränsningar när det gäller kvävetillförsel. Läs mer i avsnittet om "Spridningsregler".

För att visa att begränsingarna för fosfor och kväve följs finns det krav på dokumentation. Biogödsel som kommer in på gården ska noteras med avseende på mängder, hur mycket fosfor det motsvarar, när och från vem den kommer. Anteckningarna ska sparas i sex år. Inom känsliga områden krävs även en beskrivning av hur kvävegivan beräknats t ex i en gödselplan.